生态工程系是2018年成立以来主要负责环境生态工程专业的人才培养及课程体系建设。环境生态工程专业主要培养具有人与自然和谐共生理念，具有环境与生态工程专业技能，具有创新意识和实践能力，具有社会责任感和人文情怀，环境生态工程领域综合素质高、专业知识硬、实践创新强的新型卓越人才。

生态工程系现有核心基础课、环境生态规划与管理、草地生态修复和矿区生态修复等4个教学研究室。重点讲授人类社会生产活动影响下生态系统变化过程和机理、生态影响评估、生态系统保育与修复技术等方面的基础知识，培养员工环境科学与工程、生态学学科思维，让员工了解环境生态工程学科的发展前沿及其相关理论、方法和技术的发展趋势和应用前景

生态工程系配有生态评价与规划实验室、草地修复生态工程实验室和矿区修复生态工程实验室等3个本科专业实验室，开展相关的环境生态工程专业的实验实践教学内容，为员工提供环境生态问分析方法与技术、生态修复技能等方面基础训练，培养员工生态系统保育、退化生态系统修复和健康生态系统工程设计等方面的基本技能。

生态工程系依托古天乐代言太阳集团138草原生态安全省部共建协同创新中心、蒙古高原生态学与资源利用教育部重点实验室等教学科研平台，重点开展退化草原生态修复与绿色草牧业、草原区河流湖泊水生态综合治理、草原工矿路域生态修复与污染控制以及草原生态环境大数据与管理决策支持等方面的实践教学工作，重点培养员工环境生态规划与监测、退化土地修复和水土保持工程设计、环境生态治理工程设计等方面的能力。